Imediatamente depois de resgatados, os três astronautas foram levados a bordo do porta-aviões Hornett, ancorado a menos de 30 quilômetros do local do pouso. No entanto, ao invés de voltarem para casa e encontrarem suas famílias, Armstrong, Aldrin e Collins entraram em uma espécie de container blindado que foi levado para a base militar de Ellington, em Houston.
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Pouca coisa se sabia sobre a Lua e temia-se que os astronautas pudessem ter sido contaminados por microorganismos e como medida de segurança precisaram passar por um longo período de isolamento onde foram submetidos a uma gigantesca bateria de exames médicos.
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Durante o tempo em que permaneceram isolados os astronautas receberam a visita de suas esposas e também de diversas autoridades, inclusive a do presidente americano Richard Nixon que foi televisionada para todo o país. Quando definitivamente os médicos constataram a saúde dos três estava em perfeito estado, Armstrong, Collins e Aldrin foram finalmente liberados no dia 10 de agosto de 1969, após permanecerem 17 dias em confinamento.
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Três dias depois de receberem alta os astronautas da missão Apollo 11 receberam diversas homenagens e por onde passavam eram recebidos como verdadeiras celebridades. Todos queriam tirar fotos ao lado dos mais novos heróis americanos e os desfiles em carro aberto percorreram diversas cidades do país.