Mais da metade do país é banhada pelo Naryn e outros afluentes do Syr Darya. Numerosos rios pequenos ou médios correm no norte do Quirguistão, dissipando-se nos desertos e semidesertos do Cazaquistão meridional. Lago Ysyk, o maior dos muitos lagos do Quirguistão e o quarto mais profundo do mundo, localiza-se a cerca de 1,6 km (aproximadamente 1 mi) acima do nível do mar.

O Quirguistão apresenta um clima continental, com grandes variações locais. A temperatura média diária nos vales é de 25° a 27°C (77° a 81°F) em julho e -4°C (25°F) em janeiro. A temperatura é muito mais fria nas áreas mais altas.

Durante a década de 1980, o Quirguistão tornou-se um dos poucos países do mundo a aumentar suas reservas florestais. Contudo, a poluição da água é considerada um problema sério, já que doenças veiculadas pela água causam cerca de 1.500 mortes por ano. A irrigação excessiva das extensas plantações de algodão provocou um aumento na salinidade do solo, mas espera-se a redução deste problema à medida em que o país abandone a monocultura do algodão e diversifique sua agricultura.

A imagem acima, feita pelo satélite de altíssima resolução QuickBird, no dia 23 de março de 2005, mostra a capital do país, Bichkek, um dia antes do levante popular que derrubou o presidente Askar Akayev.